Историко-археологический музей, расположенный в Керчи, является одним из самых старых музеев на территории Украины. Официально музей был открыт 15 июня 1826 г. Инициатором основания керченского государственного музея выступил И. Стемпковский.
Основой коллекции историко-археологического музея стало частное собрание известного керченского археолога П. Дюбрюкса, регулярно пополнявшееся благодаря постоянным исследованиям античных и средневековых памятников, проводившихся как самим П. Дюбрюксом и его современниками, так и их последователями.
С 1833 г. керченский музей древностей находился в ведении Императорской Археологической комиссии. Одной из его главных задач стало не только собрание и хранение исторических памятников, но и поиск редчайших экспонатов для коллекций Эрмитажа. Научная деятельность музея сыграла очень важную роль в развитии отечественной археологии.
Социальные катастрофы 20 ст. не обошли стороной и город Керчь. Но ни лихие годы безвластия, ни Гражданская война не смогли повлиять на существование музея древностей. С приходом советской власти он был передан в подчинение Комиссариата Народного образования, после чего его новым основным направлением стала культурно-просветительная деятельность.
В 1922 г. музею присвоили звание археологического, именно тогда ему было передано одно из самых лучших зданий города – частный особняк, который является памятником архитектуры 19 ст., принадлежавший некогда известному табачному фабриканту П. Месаксуду. Здесь экспозиция музея размещается и доныне.
Большие потери Керченский музей понес во время Великой Отечественной войны, когда были утрачены практически все музейные коллекции и архив. После окончания войны стали приводиться в порядок археологические памятники, начали организовываться выставки, а также была создана новая экспозиция.
Сегодня экспозиция историко-археологического музея представлена двумя замечательными выставками: «История Боспорского царства», открытая в 2006 г. к 180-летней годовщине музея, и «Керченский район в период средневековья».