Крепость Ени-Кале расположена на берегу Керченского пролива в северо-восточной части города. Она была построена османцами в 1699—1706 гг. Название крепости в переводе с турецкого языка означает «новая крепость». Крепость имела в плане форму неправильного пятиугольника и, следуя крутому рельефу, была расположена на нескольких уровнях. По углам находились пять полубастионов, способных выдержать длительную осаду и мощный артиллерийский огонь.
Серьёзной проблемой был недостаток пресной воды — единственный колодец в крепости не мог обеспечить водой всё её население. Поэтому для подачи воды построили керамический подземный водопровод, соединявший Ени-Кале с источником, расположенным в нескольких километрах от крепости.
К концу XVIII века Ени-Кале утратила военное значение, и в 1835 г. на её территории разместились постройки военного госпиталя. Во время Крымской войны 1853—1856 гг. крепость была частично отремонтирована, а внутри установили несколько береговых батарей. Но в 1880 г. Ени-Кале была окончательно заброшена.
Непосредственно по территории крепости проложена железная дорога от Керчи в сторону переправы порта Крым; вибрация в результате движения поездов создает угрозу постепенного разрушения памятника.